La boîte n'a pas de carte de crédit et je paye souvent avec ma carte. Je peux passer ces frais ?

Pas de problème. Dans la mesure où il s'agit de frais professionnels, tu les passes dans la compta en contrepartie du compte courant (SA, sàrl) ou du compte privé (raison individuelle). Par contre, tu enregistres bien les charges selon leur nature (frais de déplacement, matériel de bureau par exemple) et pas dans un compte fourre-tout "carte de crédit".

Dans tous les cas, tu gardes bien les pièces justificatives (factures, tickets etc.).